Berdasarkan Surat Edaran Direktorat Jenderal P2P Nomor HK.02.02/III.I/936/2021, Tes Cepat Molekuler (TCM) merupakan alat diagnosis utama yang digunakan untuk penegakan diagnosis TBC. Jika fasyankes terkendala dalam mengakses layanan TCM maka penegakan diagnosis bisa dilakukan dengan pemeriksaan mikroskopis. Pasien TBC yang terdiagnosis dengan pemeriksaan mikroskopis harus dilakukan pemeriksaan lanjutan menggunakan TCM untuk mengetahui status resistansi terhadap rifampisin. Walaupun pemeriksaan mikroskopis tidak lagi menjadi sarana diagnosis utama untuk TBC namun pemantauan kemajuan pengobatan pasien TBC yang tidak dapat dilakukan dengan pemeriksaan TCM. Maka kualitas pemeriksaan mikroskopis harus tetap menjadi perhatian. 

Jejaring laboratorium TBC adalah suatu hubungan kerja antara laboratorium yang melaksanakan pelayanan secara berjenjang sesuai dengan kemampuan pelayanan pemeriksaan, rujukan pelayanan, pembinaan dan penelitian untuk menunjang program penanggulangan TBC. Berikut adalah jejaring laboratorium TBC :

- Fasyankes mikroskopis : dapat melakukan pemeriksaan mikroskopis untuk diagnosis dan follow up, atau hanya melakukan pemeriksaan follow up saja. Fasyankes yang hanya melakukan pemeriksaan mikroskopis untuk follow up dapat melakukan pemeriksaan diagnosis dengan TCM di fasyankesnya sendiri, maupun melakukan pengiriman dahak untuk pemeriksaan diagnosis sebagai rujukan ke Fasyankes TCM

- Fasyankes satelit yaitu fasyankes yang hanya membuat sediaan kemudian merujuk ke fasyankes mikroskopis untuk dilakukan pewarnaan dan pembacaan. Selain itu fasyankes yang tidak melakukan pemeriksaan mikroskopis baik diagnosis dan follow up juga disebut sebagai fasyankes satelit

- Laboratorium Rujukan Intermediet (LRI) adalah laboratorium rujukan uji silang yang melakukan pembacaan ulang sediaan BTA yang telah diperiksa oleh fasyankes mikroskopis dalam rangka PME.

- Laboratorium Rujukan Provinsi (LRP) adalah laboratorium rujukan mikroskopis dengan wilayah kerja provinsi. Penunjukan Laboratorium Kesehatan Daerah Provinsi sebagai LRP ditetapkan dengan SK kepala dinas kesehatan provinsi. Di provinsi yang kabupaten/kotanya tidak memiliki LRI, maka LRP akan merangkap sebagai LRI.

- Laboratorium Rujukan Nasional (LRN) mikroskopis merupakan laboratorium rujukan tertinggi untuk pemeriksaan mikroskopis TBC. Berdasarkan Keputusan Menteri Kesehatan Nomor 1909/MENKES/SK/IX/2011 tentang Laboratorium Rujukan Tuberkulosis Nasional bahwa Laboratorium Kesehatan Provinsi Jawa Barat ditunjuk sebagai Laboratorium Rujukan TBC Nasional untuk Pemeriksaan Mikroskopis TBC yang pembinaannya berada di bawah Kementerian Kesehatan cq Direktorat Jenderal Bina Upaya Kesehatan